(python) DICOM 파일을 PNG 파일로 바꾸는 라이브러리

https://download.cnet.com/DICOM-Converter/3000-2129_4-75860085.html

DICOM 영상을 다른 format으로 바꾸자

SRCNN을 하는 중에 우선 GIT HUB라는 오픈소스 소프트웨어 사이트에 나와있는 아주 탁월한 샘플을 발견했다. 

(다음은 링크이다. https://github.com/tegg89/SRCNN-Tensorflow)

여기에서 하라는 대로 하면 정말 우리가 원해왔던 SRCNN을 해볼 수 있는 것이다.

그래서 정작 우리가 해야하는 과제인 DICOM을 Training set 입력으로 주고 싶었던 것이다.

그런데 문제는 오픈소스 코드를 일일히 뜯어 봐야한다는 것이다.

뜯어보던 와중 결국 우리는 DICOM를 PNG나 BMP로 바꿔줘야 한다는 것을 깨달았다.

방법 1) PNG로 바꿔야 할 때

구글링을 하던 중 정말 괜찮은 라이브러리를 발견했다.

바로 mritopng 라는 라이브러리 인데,

일단, 구글에 쳐보자.

바로 첫번째에 나왔다. (첫번째가 아닐 수도 있으니 주의하길 바란다.)

클릭하여 들어간다.

위에 그림에서 하이라이트 칠한 부분을 클릭하여 다운받는다.

그리고 받은 zip파일을 푼다.

그 다음이 중요한데, 아나콘다 console에서 cd를 사용하여 압축을 푼 디렉터리에 들어가야한다. 그 디렉터리 이름은 "mriropng-master"이다.(들어간 뒤 또 똑같은 디렉터리가 있는데 그 두번째 꺼 까지 들어가야한다. 그 후, python setup.py install 을 입력하고 enter을 친다.

그럼 이제 jupyter notebook 이나 다른 파이썬 툴을 사용하여 DICOM을 PNG로 바꿀 수 있게 된다.

사용법은 다음과 같다.

import mritopng (항상 import를 해줘야 한다. 이때, 돌아가지 않을 경우 다시 설치를 해야한다.)

완전 편리하게도 두가지 옵션이 있다.

1. 하나만 바꾸고 싶을 때

2. 폴더 내 전체 DICOM을 바꾸고 싶을 때

1. mritopng.convert_file('바꾸고 싶은 DICOM 경로', '생성되는 PNG 이름경로')

2. mritopng.convert_folder('바꾸고 싶은 DICOM폴더경로', '생성되는 PNG 폴더이름경로')

참고로 필자는 다음과 같이 사용하였다.

여러 format으로 바꾸고 싶을 때

아주 간단하게 진짜 다양한 format으로 DICOM을 바꿔주는 놈을 찾았다.

다음 링크에서 프로그램(DICOM Converter)을 받자.

https://download.cnet.com/DICOM-Converter/3001-2129_4-75860085.html

다운로드를 받고 실행시켜보면 다음과 같이 나온다.

위 사진에서 단일 DICOM을 바꾸고 싶을 때는 Add Files를 그리고 폴더 내 전체 DICOM 파일을 바꾸고 싶을 때는 Add folder를 눌러서 파일 설정을 해준다.

그리고 원하는 파일 포멧을 설정해준다.

마지막으로 오른쪽 하단에 Convert를 눌러주면 변환 시킬 수 있다.!!!

Reference

1. Git Hub : mritopng

https://github.com/danishm/mritopng

2. DICOM을 다른 포멧으로 바꿔주는 프로그램 사이트

https://download.cnet.com/DICOM-Converter/3000-2129_4-75860085.html